首先，我國還沒有有機肥產(chǎn)品的國家標準，只有行業(yè)標準。有機肥生產(chǎn)不需行政許可，生產(chǎn)門檻低，生產(chǎn)方式五花八門，目前小作坊較多，生產(chǎn)設備簡陋，產(chǎn)品質(zhì)量難以保證。
其次，一些廠家片面追求外觀，不重視內(nèi)在品質(zhì)。目前農(nóng)民在市場上選用有機肥時大多憑顆粒外觀和包裝的感性認識來判斷有機肥產(chǎn)品品質(zhì)好壞，認為顆粒外觀烏黑發(fā)亮、光滑均勻的就是好產(chǎn)品。商品有機肥由于原料的多樣性，不同原料做成的有機肥在外觀上有一定差距，其內(nèi)在品質(zhì)也有較大差異。
第三，企業(yè)生產(chǎn)忽視發(fā)酵過程。國內(nèi)有機肥的商品化、規(guī)�；�及規(guī)范化發(fā)展剛剛起步，一些生產(chǎn)線未進行嚴格的高溫發(fā)酵，導致有機肥產(chǎn)品難以達到無害化要求。
第四，純有機肥養(yǎng)分含量低，施用后不如化肥肥效快，推廣普及遭遇瓶頸，所以做有機無機復混肥之更好的選擇，
第五，有機肥包裝標識混亂。個別企業(yè)標上有機質(zhì)、腐殖酸、氨基酸、動物蛋白、維生素等含量，并加起來算作養(yǎng)分總含量誤導消費者。
第六，運輸成本高，有機肥通過鐵路運輸不享受化肥優(yōu)惠運價，運輸成本比較高，使商品有機肥的市場零售價比原料價格高許多。
第七，有機肥生產(chǎn)過程中造粒效率低下，特別是那些有機質(zhì)含量高的有機肥，有50%以上都要返回造粒，大大降低了生產(chǎn)效率，增加了生產(chǎn)成本。